Flaga Gminy Komorniki złożona z dwóch pasów, górnego zielonego i dolnego żółtego, jest odniesieniem do walorów krajobrazowych Gminy, gdzie zieleń symbolizuje chlubę Gminy – lasy Wielkopolskiego Parku Narodowego, a kolor żółty złoto zbóż, dziś uprawianych już w niewielkim stopniu, ale w przeszłości stanowiących podstawę utrzymania zamieszkałych tu komorników, których praca przynosiła dochód biskupstwu poznańskiemu (Komorniki były własnością biskupstwa poznańskiego od XIII w. aż do rozbiorów). Wąski pas biało-czerwony na styku obu barw nie tyle rozdziela dwie podstawowe barwy flagi, ile przez symboliczny zestaw bieli i czerwieni łączy miejscową społeczność ze swoją wielkopolską ziemią, będącą w przeszłości kolebką państwowości polskiej (biel i czerwień są zarówno barwami narodowymi, jak i Wielkopolski – czyli dawnej, starej Polski, Polonii Maior).